OS=homo,sapiens,GN=DCD,PE=1,SV=2

来源:百科时间：2016-09-02 10:52:46 阅读：

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篇一:《生物信息概论上机作业答案》

实验一 1. plk1和HOTAIR在乙肝病毒诱导肝脏癌变的过程中加速了对蛋白酶体SUZ12和ZNF198的降解。在有乙肝病毒的细胞中，他会增加PLK1酶的表达，减少两个转录抑制子相互结合的比例。作者研究发现：plk1可诱导SUZ12和ZNF198的降解通过使特定位点的磷酸化，然后这个过程可以被HOTAIR增强，因为这种长的编码RNA可减少他们的稳定性。 --- PLK1 and HOTAIR accelerate proteasomal degradation of SUZ12 and ZNF198 during hepatitis B virus-induced liver carcinogenesis.

2. 胰岛素受体蛋白在生长因子刺激的跨膜信号转导过程中起重要作用。在研究中，我们认为plk1可以使IRS2的两个丝氨酸（ser556和ser1098）磷酸化。这两个氨基酸被磷酸化后可以抑制IRS2和PL3K途径复合物的结合并增加IRS2蛋白的降解速率，从而抑制PL3K途径的激活。 --- Plk1 Phosphorylation of IRS2 Prevents Premature Mitotic Exit via AKT Inactivation.

3. Plk1在细胞的有丝分裂中扮演重要角色，在各种肿瘤细胞中都有很高的plk1水平，包括急性骨髓性白血病（AML），抑制plk1后，细胞会衰老和凋亡，并具有抗肿瘤效果。所以，我们也开发了一种抑制plk1的药物 volasertib 。 ——Targeting polo-like kinase 1 in acute myeloid leukemia

4. Plk1 和 Aurora 酶会调节细胞的有丝分裂，我们发现通过增强plk1抑制剂的浓度，也会增强对Aurora酶的抑制剂效果，从而抑制细胞的分裂，可作为癌细胞的治疗手段。 ——Co-inhibition of polo-like kinase 1 and aurora kinases promotes mitotic catastrophe.

5. plk1在有丝分裂中管理DNA的断裂和修复

——Plk1 Manages DNA break repair during mitosis.

Homo sapiens polo-like kinase 1 (PLK1), mRNA

>gi|748982951|ref|NM_005030.4| Homo sapiens polo-like kinase 1 (PLK1), mRNA AGTGGCGCGCAGGCTTTTGTAACGTTCCCAGCGCCGCGTTTGAATTCGGGGAGGAGCGGAGCGGTGCGGA GGCTCTGCTCGGATCGAGGTCTGCAGCGCAGCTTCGGGAGCATGAGTGCTGCAGTGACTGCAGGGAAGCT GGCACGGGCACCGGCCGACCCTGGGAAAGCCGGGGTCCCCGGAGTTGCAGCTCCCGGAGCTCCGGCGGCG GCTCCACCGGCGAAAGAGATCCCGGAGGTCCTAGTGGACCCACGCAGCCGGCGGCGCTATGTGCGGGGCC GCTTTTTGGGCAAGGGCGGCTTTGCCAAGTGCTTCGAGATCTCGGACGCGGACACCAAGGAGGTGTTCGC GGGCAAGATTGTGCCTAAGTCTCTGCTGCTCAAGCCGCACCAGAGGGAGAAGATGTCCATGGAAATATCC ATTCACCGCAGCCTCGCCCACCAGCACGTCGTAGGATTCCACGGCTTTTTCGAGGACAACGACTTCGTGT TCGTGGTGTTGGAGCTCTGCCGCCGGAGGTCTCTCCTGGAGCTGCACAAGAGGAGGAAAGCCCTGACTGA GCCTGAGGCCCGATACTACCTACGGCAAATTGTGCTTGGCTGCCAGTACCTGCACCGAAACCGAGTTATT CATCGAGACCTCAAGCTGGGCAACCTTTTCCTGAATGAAGATCTGGAGGTGAAAATAGGGGATTTTGGAC TGGCAACCAAAGTCGAATATGACGGGGAGAGGAAGAAGACCCTGTGTGGGACTCCTAATTACATAGCTCC CGAGGTGCTGAGCAAGAAAGGGCACAGTTTCGAGGTGGATGTGTGGTCCATTGGGTGTATCATGTATACC TTGTTAGTGGGCAAACCACCTTTTGAGACTTCTTGCCTAAAAGAGACCTACCTCCGGATCAAGAAGAATG AATACAGTATTCCCAAGCACATCAACCCCGTGGCCGCCTCCCTCATCCAGAAGATGCTTCAGACAGATCC CACTGCCCGCCCAACCATTAACGAGCTGCTTAATGACGAGTTCTTTACTTCTGGCTATATCCCTGCCCGT CTCCCCATCACCTGCCTGACCATTCCACCAAGGTTTTCGATTGCTCCCAGCAGCCTGGACCCCAGCAACC GGAAGCCCCTCACAGTCCTCAATAAAGGCTTGGAGAACCCCCTGCCTGAGCGTCCCCGGGAAAAAGAAGA ACCAGTGGTTCGAGAGACAGGTGAGGTGGTCGACTGCCACCTCAGTGACATGCTGCAGCAGCTGCACAGT GTCAATGCCTCCAAGCCCTCGGAGCGTGGGCTGGTCAGGCAAGAGGAGGCTGAGGATCCTGCCTGCATCC CCATCTTCTGGGTCAGCAAGTGGGTGGACTATTCGGACAAGTACGGCCTTGGGTATCAGCTCTGTGATAA CAGCGTGGGGGTGCTCTTCAATGACTCAACACGCCTCATCCTCTACAATGATGGTGACAGCCTGCAGTAC ATAGAGCGTGACGGCACTGAGTCCTACCTCACCGTGAGTTCCCATCCCAACTCCTTGATGAAGAAGATCA CCCTCCTTAAATATTTCCGCAATTACATGAGCGAGCACTTGCTGAAGGCAGGTGCCAACATCACGCCGCG CGAAGGTGATGAGCTCGCCCGGCTGCCCTACCTACGGACCTGGTTCCGCACCCGCAGCGCCATCATCCTG CACCTCAGCAACGGCAGCGTGCAGATCAACTTCTTCCAGGATCACACCAAGCTCATCTTGTGCCCACTGA TGGCAGCCGTGACCTACATCGACGAGAAGCGGGACTTCCGCACATACCGCCTGAGTCTCCTGGAGGAGTA CGGCTGCTGCAAGGAGCTGGCCAGCCGGCTCCGCTACGCCCGCACTATGGTGGACAAGCTGCTGAGCTCA CGCTCGGCCAGCAACCGTCTCAAGGCCTCCTAATAGCTGCCCTCCCCTCCGGACTGGTGCCCTCCTCACT CCCACCTGCATCTGGGGCCCATACTGGTTGGCTCCCGCGGTGCCATGTCTGCAGTGTGCCCCCCAGCCCC GGTGGCTGGGCAGAGCTGCATCATCCTTGCAGGTGGGGGTTGCTGTATAAGTTATTTTTGTACATGTTCG GGTGTGGGTTCTACAGCCTTGTCCCCCTCCCCCTCAACCCCACCATATGAATTGTACAGAATATTTCTAT TGAATTCGGAACTGTCCTTTCCTTGGCTTTATGCACATTAAACAGATGTGAATATTCAAAAAAAAAAAAA AAA

>sp|P53350|PLK1_HUMAN Serine/threonine-protein kinase PLK1 OS=Homo sapiens GN=PLK1 PE=1 SV=1

MSAAVTAGKLARAPADPGKAGVPGVAAPGAPAAAPPAKEIPEVLVDPRSRRRYVRGRFLG KGGFAKCFEISDADTKEVFAGKIVPKSLLLKPHQREKMSMEISIHRSLAHQHVVGFHGFF EDNDFVFVVLELCRRRSLLELHKRRKALTEPEARYYLRQIVLGCQYLHRNRVIHRDLKLG NLFLNEDLEVKIGDFGLATKVEYDGERKKTLCGTPNYIAPEVLSKKGHSFEVDVWSIGCI MYTLLVGKPPFETSCLKETYLRIKKNEYSIPKHINPVAASLIQKMLQTDPTARPTINELL NDEFFTSGYIPARLPITCLTIPPRFSIAPSSLDPSNRKPLTVLNKGLENPLPERPREKEE PVVRETGEVVDCHLSDMLQQLHSVNASKPSERGLVRQEEAEDPACIPIFWVSKWVDYSDK YGLGYQLCDNSVGVLFNDSTRLILYNDGDSLQYIERDGTESYLTVSSHPNSLMKKITLLK YFRNYMSEHLLKAGANITPREGDELARLPYLRTWFRTRSAIILHLSNGSVQINFFQDHTK LILCPLMAAVTYIDEKRDFRTYRLSLLEEYGCCKELASRLRYARTMVDKLLSSRSASNRL KAS{OS=homo,sapiens,GN=DCD,PE=1,SV=2}.

四．基因功能分析

定位：16号染色体 23678822---23690367

功能结构域：

Go注释信息： ATP结合酶的激活

BLAST

定位{OS=homo,sapiens,GN=DCD,PE=1,SV=2}.

五．三级结构信息（P53350）

/retype/zoom/10dda78c52ea551811a68743?pn=5&x=0&y=7&raww=893&rawh=494&o=png_6_0_0_0_0_0_0_892.979_1262.879&type=pic&aimh=265.53191489361706&md5sum=ae040a33326f2029d01b5742a05a03fc&sign=67b0d4fb4e&zoom=&png=94927-127549&jpg=0-0" target="_blank">

二．实验项目名称：双序列比对

实验目的：练习使用动态规划算法进行双序列比对；理解打分矩阵和参数对双序列比对结果的影响；理解动态规划算法的原理。{OS=homo,sapiens,GN=DCD,PE=1,SV=2}.

教学基本要求：动态规划算法是序列比对最基本的算法，可以确保找到最优比对。分为全局比对（Needleman-Wunch algorithm）和局部比对算法（Smith-Waterman algorithm）。通过本实验的练习，更好的理解动态规划算法。

实验内容提要：对如下的两条序列进行双序列比对分析：

> Drosophila Sex-lethal protein

ASNTNLIVNYLPQDMTDRELYALFRAIGPINTCRIMRDYKTGYSYGYAFVDFTSEMDSQRAIKVLNG > Mouse Huc RBD

MDSKTNLIVNYLPQNMTQDEFKSLFGSIGDIESCKLVRDKITGQSLGYGFVNYSDPNDADKAINTLNGL

这些蛋白质包含一个RNA识别模体（RNA Recognition Motif，RRM）。该模体包含两个高度保守的两个功能区RNP1和RNP2（已用红色标记）。通过ebi网站的在线工具完成练习（/retype/zoom/cd8f26bef8c75fbfc77db2e1?pn=4&x=0&y=14&raww=539&rawh=597&o=png_6_0_0_135_343_536_594_892.979_1262.879&type=pic&aimh=531.6512059369203&md5sum=544825757995efc5d2e3f1f19224653b&sign=4bdea1058e&zoom=&png=274-12695&jpg=0-0" target="_blank">http://www.zhuodaoren.com/shenghuo378168/

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